雅典大学于1837年成立于建筑学家斯特马蒂斯。克林塞斯（Stamatics Cleanthes）的家里，这里原来是一个中级学校。它不但是当时新成立的希腊国的第一所大学，而且也是整个巴尔干半岛和东地中海地区第一所大学。当时称为奥森大学，直到1932年才改为现名。建校初期，由神学院、法学院、医学院和艺术学院（包括应用科学和数学）组成，有教授33名，学生52名和75名非注册旁听生。但克林塞斯的家很快容纳不了日益增加的学生，第二任校长伊基欧斯。A.瑞丽斯决定组织大学委员会来筹款建立希腊人的大学。
这个倡议很快得到热烈响应，富有的商人和学者，散居在国外的希腊人和未恢复的希腊地区的教士、工薪阶层、希腊个体劳动者，在1839年3月底筹积了一笔资金（相当于所需建筑费用的1/6）。同年5月5日，学校同意采用丹麦建筑学家克里斯町。汉森的设计，7月2日举行动工庆典，国王奥森亲自为大学奠基。奠基石上刻着：海伦大学，在希腊人和热爱希腊的人的帮助下，于国王奥森一世执政的第七年，1839年7月2日建立。
雅典大学是整个希腊学术界的最高殿堂，为整个希腊科学和文化的发展作出了不可磨灭的贡献。同时它还是社会和意识形态交流的论坛。第二次世界大战中希腊曾被德国和意大利军队占领，成千上万的该校师生成了反法西斯的生力军，那些被害者的名字都被刻在学校主楼入口处的纪念柱上，和其他为国捐躯勇士的名字排在一起。
1987年5月，在庆祝该校诞生150周年的日子里，该校历史博物馆开放，使人们可以回顾大学发展的每一个脚印。
雅典大学现有5个学院22个系，还有7个独立的系科。由院长负责全院的工作，下设系主任及专业主任。每个学院设有学院代表大会、院长理事会、院长。系管理机构有代表大会、管理理事会、系主任。专业的管理机构则是代表大会、专业主任。各院系隶属关系如下：
神学院：神学系、牧师神学系。
法律、经济、政治学院：法律系、经济学系、政治公共管理系。
卫生学院：医学系（附设大学医院）、牙科学系、药学系、护理学系。
艺术学院：希腊语言文学系、历史与考古学系、哲学、教育与心理学系、英国语言文学系、法国语言文学系、外国文化系。
独立的系有：体育与体育教育系、小学教育系、学前教育系、家政系、戏剧研究系、大众传播系、音乐系。
有些系开设研究生课程，可授予博士学位。
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